BIOINFORMATIKA

Nama Dosen : Ertie Nur Hartiwati

Kali ini saya akan membahas mengenai Bioinformatika. Dilihat dari namanya, ada dua gabungan ilmu yang diterapkan di sini. Menurut pendapat saya sendiri sebelum mencari dan membaca informasi mengenai bioinformatika, saya menyimpulkan pengertian yaitu, bio yang berarti makhluk hidup dan informatika yang berarti teknologi informasi yang berhubungan dengan komputer, jadi kesimpulan dari pengertian bioinformatika adalah teknologi yang mempelajari tentang makhluk hidup untuk mendapatkan informasi dari objek yang diteliti.

Setelah saya mencari tahu dari beberapa sumber, ternyata pengertian bioinformatika yang sebenarnya adalah  “penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis”. Penelitian ini menerapkan metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah yang berhubungan dengan biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens, dan prediksi struktur.

Untuk basis data, jelas digunakan untuk menyimpan data. Ada tiga basis data yang digolongkan sesuai jenis informasi biologisnya, yaitu basis data primer, sekunder, dan struktur. Basis data primer menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

Selanjutnya penyejajaran sekuens adalah proses menggabungkan dua atau lebih sekuens.

Kemudian prediksi struktur digunakan untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

sumber :
http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika

Traffic Management Bandwidth Menggunakan Traffic Shaping Pada Komputasi Modern

Nama Dosen : Ertie Nur Hartiwati 

Nama Anggota Kelompok : 

1. Bangkit Hardiansyah

2. Frans Darmawan

ABSTRAK

Kata kunci: komputasi modern, router, bandwidth, dan traffic shaping.

Komputasi modern merupakan cara untuk menemukan pemecahan masalah dari suatu inputan data dengan menggunakan suatu algoritma tertentu. Komputasi lebih sering digunakan pada bidang ilmu matematika dan ilmu computer. Namun pada saat ini komputasi modern lebih sering dikaitkan dengan istilah jaringan computer dan traffic shaping. Jaringan komputer merupakan suatu layanan yang berupa sistem yang terdiri atas Jaringan komputer sendiri terdiri dari komputer-komputer (host) yang saling terhubung ke suatu komputer yang menadi server. Jaringan komputer digunakan untuk dapat berbagi sumber daya (printer, CPU), berkomunikasi (surel, pesan instan), dan dapat mengakses informasi secara bersama. Jika banyak yang mengakses secara bersamaan, dapat timbul permasalahan, dimana pada layanan tertentu mengkonsumsi bandwidth dalam jumlah besar yang menyebabkan layanan yang lain tidak bisa mendapatkan bandwidth sesuai yang dibutuhkan. Untuk mengoptimalkan pemakaian bandwidth dilakukan monitoring dengan pembagian bandwidth setiap layanan yang sesuai dengan kebutuhan. Dengan menggunakan teknik  traffic shaping maka kita dapat mengoptimalkan pemakaian bandwidht. Traffic Shaping dapat mengontrol jumlah volume trafik data yang dikirim ke dalam jaringan yang akan dikirim dengan melewati mikrotik. Dengan penerapan traffic shaping dapat menghasilkan kinerja jaringan yang lebih stabil pada setiap aplikasi sesuai yang dibutuhkan.

1.                  PENDAHULUAN

Perkembangan teknologi saat ini sangat pesat, dengan peningkatan kebutuhan layanan komunikasi data yang cepat dan efisien, sehingga sekarang menggunakan sistem jaringan multi layanan agar pengguna dengan mudah mengakses data secara cepat dan bersamaan dengan pengguna lainnya. Agar sistem ini dapat berjalan dengan baik maka diperlukan alokasi bandwidht yang disesuaikan dengan kebutuhan.

Untuk menghubungkan perangkat jaringan dengan sumber daya, dibutuhkan sebuah perangkat yang disebut router. sebuah alat yang mengirimkan paket data melalui sebuah jaringan atau internet menuju tujuannya, dengan proses yang dikenal sebagai routing. Salah satu vendor yang menyediakan perangkat router adlah mikrotik.

Bandwidth Management (Traffic Control/Shaping) adalah suatu usaha mengontrol traffic jaringan sehingga bandwidth lebih optimal dan performa network lebih terjamin.

2.                  DASAR TEORI

2.1              JARINGAN KOMPUTER

Jaringan komputer terdiri dari dua atau lebih komputer yang saling berhubungan satu dengan yang lainnya untuk komunikasi data dengan menggunakan protokol komunikasi melalui media kabel atau nirkabel, sehingga komputer dapat saling berbagi informasi, data, program-program, dan penggunaan perangkat keras secara bersama satu dengan yang lainnya.

-                 Klasifikasi Jaringan

Terdapat 3 tipe jaringan yang ada, yaitu :

o      Local Area Network (LAN)

Menurut Stallings (2004, p16), Local Area Network (LAN) adalah suatu jaringan komunikasi yang saling menghubungkan berbagai jenis perangkat dan menyediakan suatu pertukaran data di antara perangkat-perangkat tersebut. LAN biasanya menghubungkan dua atau lebih komputer dan alat-alat yang terhubung dalam sebuah area geografis yang terbatas (sampai beberapa kilometer), berkecepatan tinggi dan memiliki error yang rendah di dalam sebuah perusahaan.

o      Metropolitan Area Network (MAN)

Metropolitan Area Network (MAN) biasanya mencakup area metropolitan yaitu sebuah area yang biasanya lebih besar dari LAN tetapi lebih kecil dari WAN, misalnya antar wilayah dalam satu provinsi. Menurut (Lammle, 2005, p674), MAN juga dapat menghubungkan beberapa LAN menjadi suatu bagian jaringan yang lebih besar lagi. Cakupan geografis dari MAN itu sendiri tidak menghubungkan area geografis yang berbeda. Contoh: sebuah kantor X, memiliki cabang di provinsi Jawa Tengah yaitu di kota Semarang, Purwokerto dan Pekalongan. Kantor cabang tersebut saling terhubung satu sama lain.

o      Wide Area Network (WAN)

Wide Area Network (WAN) adalah jaringan yang ruang lingkupnya terpisahkan oleh batas geografis dan biasanya sebagai penghubungnya sudah menggunakan media satelit ataupun kabel bawah laut. Contoh: keseluruhan jaringan bank besar yang ada di seluruh Indonesia ataupun yang ada di negara-negara lain.

2.2              ROUTER

Router adalah alat untuk mengirimkan paket data melalui sebuah jaringan atau internet menuju tujuannya, melalui proses yang dikenal sebagai routing. Proses routing terjadi pada layer ke-3 yaitu network pada OSI Layer. Prinsip kerja dalam sebuah router yaitu:

1.                  Menggunakan alamat network yang berbeda pada semua port.

2.                  Membuat tabel berdasarkan alamat layer network,

3.                  Memfilter lalu lintas network berdasarkan informasi network,

4.                  Memblokir lalu lintas ke alamat yang tidak diketahui.

2.3              OPTIMALISASI KINERJA JARINGAN

Optimalisasi jaringan komputer dapat diartikan sebagai suatu cara untuk mempercepat berbagai aplikasi yang diakses oleh pengguna yang menggunakan jaringan LAN/WAN yang didistribusikan dengan cara menghilangkan kelebihan transmisi, pengiriman data dalam cache lokal, penekanan dan memprioritaskan data, dan perampingan sejumlah protocol. Ada beberapa metode yang dapat digunakan dalam proses optimalisasi yaitu:

1.                  Compression

2.                  Caching/Proxy

3.                  Traffic shaping

4.                  Equalizing

5.                  Connection Limits

6.                  Simple Rate Limits

2.4              Konsep Traffic shaping

Traffic shaping digunakan untuk mengatur traffic yang keluar ke interface agar alirannya sesuai dengan kecepatan dari target interface dan menjamin bahwa traffic memberitahukan ulang kebijakan yang dibuat untuk nya. Oleh karena itu, pengalamatan traffic pada umumnya yang dapat dibentuk untuk memenuhi permintaan downstream, sehingga dapat mengeliminasi bottleneck dalam topologi dengan data-rate mismatches.

Traffic shaping mencegah packet loss, dengan menggunakan Frame Relaynetwork karena switch tidak dapat menunjukkan paket mana yang mendahuluinya. Oleh karena itu packet di drop ketika terjadi kemacetan.

2.5              BANDWIDTH

Bandwidth merupakan salah satu parameter kinerja jaringan komputer selain delay dan jitter. Bandwidth (disebut juga data transfer atau trafik) adalah data yang keluar-masuk (upload-download), atau luas atau lebar cakupan frekuensi yang digunakan oleh sinyal dalam medium transmisi cakupan frekuensi yang digunakan oleh sinyal dalam medium transmisi. Di dalam sistem jaringan komputer dan berbagai jenis digital lainnya, definisi bandwidth sering kali direferensikan sebagai bits per sekon, contohnya, jaringan (network). Definisi ini didasarkan pada hukum Hartley, suatu chanel capacity fisik dari komunikasi berkorelasi dengan bandwidth dalam konsep Hertz, beberapa di definisikan sebagai analog bandwidth. Bandwidth adalah istilah yang digunakan untuk menunjukkan besaran data yang telah ditransfer keluar dari quota space hosting.

Beberapa faktor yang menentukan bandwidth dan throughput adalah:

a.                  Piranti jaringan

b.                  Tipe data yang ditransfer

c.                  Topologi jaringan

d.                 Banyaknya pengguna jaringan

e.                  Spesifikasi komputer client/user

f.                   Spesifikasi komputer server

g.                  Induksi listrik dan cuaca

h.                  dan alasan-alasan lain.

3.                  PEMBAHASAN

Untuk penerapan traffic shaping dalam komputer dapat menggunakan software seperti Cfos Traffic dan Net Balancer. Dengan menggunakan cFos traffic shaping mengurangi keterlambatan pada saat transfer data dan memungkinkan user untuk menjelajahi internet hingga tiga kali lebih cepat. Sehingga user bisa menggunakan bandwidth penuh dari koneksi.

Selain menggunakan software dapat dilakukan dengan mikrotik RouterOS yang berbasis linux yang didesain untuk memberikan kenyamanan bagi pengguna. Untuk memanagement bandwidth, mikrotik menggunakan algoritma Token Bucket (HTB). Setelah instalasi mikrotik, lakukan cek interface yang terdeteksi oleh mikrotik dan dsetting IP address, konfigurasi gateway, dan setting DNS. Setelah berhasil maka sudah dapat melakukan alokasi bandwidth yang disediakan oleh winbox. Alokasi sendiri terbagi menjadi dua yaitu simple queue dengan besarnya bandwidth bersifat fixed dan queue tree yang membawahi beberapa kelas. Dengan pengalokasian bandwidth menggunakan mikrotik nilai maksimal upload dan download melebihi bandwidth yang ditentukan, karena adanya peminjaman bandwidth dari klien yang tida terpakai. Sedangkan kecepatan upload dan download cenderung lebih stabil.

Berdasrkan jurnal yang menjadi referensi dari paper ini, untuk mengalokasikan bandwidth harus dilakukan monitoring dimana kebijakan alokasi harus sering diubah dalam sehari. Hal ini dikarenakan, untuk jaringan yang besar, prioritas utama akan berubah-ubah tidak selalu pada satu keputusan pengalokasian bandwidth saja. Untuk meminimalkan biaya yang dikeluarkan untuk traffic shaping, terdapat metode Lagrangean yang mudah diimplementasikan pada real-time. Pengguna hanya memerlukan informasi untuk menentukan prosedur CAC dan batasan QoS.

4.                  KESIMPULAN

Metode traffic shaping sangat efektif untuk performasi jaringan komputer multi layanan karena dapat mengatur atau membatasi bandwidth berdasarkan layanan dan setiap layanan akan mendapatkan alokasi bandwidth yang berbeda-beda sesuai dengan kabutuhan sehingga mampu memaksimalkan pemakaian bandwidth secara merata dan membuat jaringan lebih stabil. Hasilnya upload dan download akan maksimal dan cenderung lebih stabil. Namun pada prakteknya traffic shaping akan memberikan hasil maksimal pada jaringan kmputer yang berskala kecil, namun pada jaringa komputer berskala besar akan sulit dilakukan.

5.                  DAFTAR PUSTAKA

1.                  Falkner, M., Devetsikiotis, M., Lambadaris, I., 1998. Minimum Cost Traffic Shaping. EDICS CL1.1.2. Canada.

2.                  Farid, Gani, Taufiq.A., Melinda., 2012. Optimalisasi Kinerja Jaringan Komputer Multi Layanan Dengan Metode Traffic Shaping Pada Mikrotik. Vol.1 No. 2. Banda Aceh.

3.                  Trimantaraningsih, Rr. Retna, Muarifah, Istiqomatul. Implementasi Mikrotik Sebagai Manajemen Bandwidth. IST AKPRIND. Yogyakarta

4.                  Matthias Falkner, Michael Devetsikiotis, Ioannis Lambadaris. Minimum Cost Traffic Shaping : A User’s Perspective on Connection Admission Control. Canada.

5.                  Walter Willinger (Bellcore), Murad S. Taqqu (Boston University), Robert Sherman (Bellcore) and Daniel V. Wilson (Bellcore). Self-Similarity Through High-Variability: Statistical Analysis of Ethernet LAN Traffic at the Source Level.

6.                  Nair, Suresh K., Novak, David C., 2006. A Traffic Shaping Model for Optimizing Network Operations. United State.

7.                  http://id.wikipedia.org/wiki/Jaringan_komputer

Jaringan Komputer

Tanggal Akses: 28 Mei 2013, 8:45 PM.

8.                  http://id.wikipedia.org/wiki/Penghala

Penghala

Tanggal Akses: 29 Mei 2012, 19:07 PM.